LncRNA测序服务说明_上海天昊生物科技有限公司|上海天昊遗传分析中心

LncRNA测序技术简介
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技术简介：
长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA) 是一类长度在200-100000 nt之间的RNA分子。它们不参与蛋白质的编码，但是在细胞内起着重要的调控作用。已有的研究表明lncRNA参与X染色体沉默，基因组印记，表观遗传修饰，转录激活等多种生物学过程，越来越成为非编码RNA研究领域的一个热点。LncRAN测序就是采用高通量测序技术结合生物信息分析，一次性获得样本中的lncRNA和mRNA信息，对lncRNA的类别，表达和功能进行深入分析的方法。

技术优势

LncRNAseq可利用一份RNA样品，同时获得lncRNA和mRNA的测序数据。
鉴定已知lncRNA的同时，可以预测新的lncRNA.
信息量大，可进行mRNA和lncRNA共表达分析

应用领域

快速鉴定不同物种、不同组织、不同发育阶段、不同疾病状态下已知和未知的lncRNA及其表达差异
lncRNA编辑、新lncRNA预测及lncRNA靶基因分析

技术参数与实验流程
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技术参数

样品要求	文库类型	测序策略	数据要求
Total RNA，总量>2ug，浓度≥ 50 ng/μL；RNA无明显降解 (28S:18S>1.8；RIN>7)	Poly(A)+链特异性文库 rRNA去除+链特异性文库	Illumina HiSeq PE150；10G数据量	数据预处理数据整体质量评估 LncRNA表达水平分析 LncRNA差异表达分析 LncRNA靶基因预测 LncRNA靶基因差异表达分析靶基因富集分析个性化分析

实验路线

数据分析内容

生物信息分析内容

数据预处理
数据整体质量评估
LncRNA表达水平分析
LncRNA差异表达分析
LncRNA靶基因预测
LncRNA靶基因差异表达分析
靶基因富集分析
个性化分析

经典文章解读
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【复杂疾病】lncRNA测序解析银屑病皮肤组织特异性表达和表观调控机制

研究背景：目前，多数自身免疫疾病的组学研究主要关注点仍然是蛋白编码mRNA。

研究方法：收集99例银屑病皮损组织（PP），27例皮损旁正常组织（PN）和90例健康对照皮肤组织(NN)，完成RNA-seq实验，生物信息学技术平台分析lncRNA的数据。

研究结果：1. 检测到皮肤特异性lncRNA，已注释的2942个，首次报道的1080个。 2. 超过40%的新LncRNA存在差异表达（PP vs. PN；PP vs. NN），而存在差异表达的mRNA和已注释lncRNA的比例则相对较低。 3. 很多差异表达lncRNA与免疫功能相关基因存在共表达，并且新lncRNA靶基因呈现表皮分化复合物基因富集现象。
研究结论：很多lncRNA参与了银屑病的发生发展，本研究为后续的皮肤lncRNA功能研究提供了重要的参考。

图1：本研究的设计思路

图2 不同类型转录本的皮肤组织特异性

参考文献：Tsoi L C, Iyer M K, Stuart P E, et al. Analysis of long non-coding RNAs highlights tissue-specific expression patterns and epigenetic profiles in normal and psoriatic skin[J]. Genome Biology, 2015, 16(1):1-15.