技术方法：
在实际的研究工作中，依照不同实验研究的需要，我们可以根据是否加入标准品来进行绝对定量或者相对定量。目前我们主要可以通过检测PCR反应体系中的荧光强度来实现对初始样品的某个基因进行定量。根据检测荧光来源的不同，常用的实时荧光定量PCR主要分为两种，一种是通过SYBR Green I嵌入DNA双链发光原理来实现，而另一种是通过Taqman探针来实现。
1） SYBR Green I
SYBR Green I 是一种结合于DNA小沟中的双链 DNA 结合染料，与双链 DNA 结合后，其荧光大大增强。在 PCR 反应体系中加入SYBR 荧光染料后，在PCR扩增前，由于没有双链扩增产物DNA的存在，体系中荧光强度很低（双链DNA模板及引物等会产生少量的荧光背景），但随着PCR循环数的增加，体系中的双链DNA不断增多， SYBR 荧光染料会特异性地掺入 DNA 双链后发射荧光信号从而使得体系中的荧光强度也同步增加，增加的荧光强度与扩增产物的增加成正比。
SYBR Green I 在核酸的实时检测方面有很多优点: 1) 具有通用性，不必因为定位基因的不同而订购特别探针；2）价格相对较低；3）可以通过熔点曲线分析看扩增产物的特异性，但是由于由于 SYBR Green I 与所有的双链 DNA 相结合，因此由引物二聚体及非特异扩增产物引起的假阳性会影响定量的精确性。
2）TaqMan 探针
TaqMan 探针是一种特殊的寡核苷酸探针，能与待测基因片断特异结合，其5’ 端连接一个荧光报告基团，而3’ 则连接有荧光淬灭基团，因此PCR反应前，加入的TaqMan 探针不会产生荧光信号，但在PCR过程中，TaqMan 探针会结合到模板DNA分子上，DNA聚合酶在该DNA分子上延伸碰到结合着的TaqMan 探针时，其5’ 外切酶活性会将探针切掉，从而使荧光报告基团与荧光淬灭基团分离，释放出荧光（见图IV）。体系中荧光强度与扩增产物等比例增加，这样用体系中的荧光强度可以很好的代表PCR扩增产物的量。
用Taqman探针来实时检测PCR扩增的效率具有很强的特异性，对于体系中引物二聚体以及非特异性条带的产生不太敏感，但是Taqman探针是基因特异性的，不同基因需要订购合成不同的探针，因此需要耗费较长的订购时间而且费用也较高。事实上，Taqman探针对目的片断扩增的特异性检测并非完全不受引物二聚体或非特异性扩增的影响，在引物二聚体或非特异性扩增发生的情况下，PCR的扩增效率会显著下降，从而导致对检测样本的目的基因的定量显著偏低。
 
应用领域：
目前基因表达水平的定量研究在疾病基因组学、药物基因组学、肿瘤研究以及模式生物等多个研究领域被广泛应用。