A.    建库测序流程

B.     数据分析流程

经典文章解读
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案例：猪胸膜肺炎放线杆菌基因组的比较研究

背景：革兰阴性菌胸膜肺炎放线杆菌是猪传染性胸膜肺炎的病原体。猪传染性胸膜肺炎是致命的呼吸道传染病，给养猪业造成巨大的经济损失。

方法：为了更好地诠释血清多样性的遗传背景，对胸膜肺炎放线杆菌9个标准菌株（1, 2, 4, 6, 9, 10, 11, 12, 13）进行了重测序（14- to 26-fold），结合已经发表全基因组序列的3个标准菌株（3, 5b, 7），对这12个菌株进行了比较基因组学分析（表1） ，从而首次报道了这一病原体的全球基因组特征。接着使用非必需基因的差异和1287个单拷贝核心基因型序列鉴定了这12种菌株的亲缘关系。

结果：

•       通过重测序，平均每个菌株基因组组装成的contig数目是59个（范围在44-89）。所有菌株都包含一个长度2.19-2.33 Mb的环形染色体基因组，平均GC含量是41%，平均CDSs数目是2,174 （表2）。
•       胸膜肺炎放线杆菌血清型5b L20菌株和其它11个菌株序列非常同源（图1）。
•       核心蛋白簇功能分类表明参与翻译的基因最多（图2），非核心蛋白与与核心蛋白相比，在参与表面多糖合成和细菌致病过程方面有相对更多的元件 。
•       对胸膜肺炎放线杆菌12个标准菌株进行比较基因组学分析。12个菌株的26012个CDS用于聚类分析，结果表明胸膜肺炎放线杆菌泛基因组包括3303个基因簇，其中包含1709个核心基因组基因，822个非必需基因，和772菌株特异性基因（表3）。
•       高毒菌株（1, 5b, 9, 11）所共享而低毒菌株（3）所没有的54个非必需基因分析表明，分别编码毒素激活因子ApxIC和结构重组毒素ApxIA的基因均存在于以上这几个高毒菌株中（表4） 。
•       两种进化分析方法表明高毒菌株（1, 9, and 11）来自相同的祖先，毒菌株（ 9, 11）都是孤立于荷兰，因此亲缘关系更近。毒菌株（7, 13）都是孤立于加拿大与匈牙利，因此亲缘关系居第二（图3）。


参考文献：Peng Zheng, et al. Genome sequence of the insect pathogenic fungus Cordyceps militaris, a valued traditional chinese medicine. Genome Biology 2011 Nov 23;12(11):R116.