技术参数与实验流程
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技术参数
 
 
实验流程

1. A.  宏基因组建库测序流程

2. 
2. B.  数据分析流程

经典文章解读
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案例：断奶推动人类婴儿肠道微生物组成熟

背景：肠道微生物菌群和人类健康息息相关。但新生儿肠道微生物菌群的确立过程始终没有被系统的研究。本研究通过新生儿一年生长期的肠道微生物菌群宏基因组研究，探讨了新生儿肠道菌群变化，同时分析了生产方式和哺育方式对新生儿肠道菌群的影响。

方法：研究人员收集了瑞典98名母亲及其新生儿的粪便样本，然后在这些婴儿4个月和12个月的时候再次收集粪便样本，通过Illumina Hiseq平台宏基因组鸟枪测序技术测定肠道微生物的组成和功能基因。新生儿包括母乳喂养和非母乳喂养组别，顺产和破腹产组别。

结果：

•         • 通过宏基因组测序(Hiseq2000,2 × 100bp)，共获得1.52Tb reads，每个样本获得39.9million reads。鉴定了4,356个新细菌基因组。

•         • 剖腹产婴儿的肠道菌群与顺产婴儿差异显著。剖腹产婴儿的肠道菌群含有许多口腔和皮肤菌，而顺产婴儿与母亲肠道菌群更为相近。
•         • 正常婴儿的肠道菌群会随着饮食改变而逐步成熟，直到婴儿断奶之后，固体食物才会显著促进微生物组的多糖降解能力。即断奶会推动人类婴儿肠道微生物组成熟。

参考文献：Backhed, F., et al., Dynamics and Stabilization of the Human Gut Microbiome during the First Year of Life. Cell Host Microbe, 2015. 17(5): p. 690-703.