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Nature Genetics:新基因组测序方法确定罕见遗传病

德国马普分子遗传学研究所及柏林夏洛蒂医科大学医学遗传学研究所的科学家成功地使用了一种新基因组测序方法——“外显子组序列世系过滤法”(descent filtering of exome sequence),揭示了Mabry 综合征病因,这种方法可以同时分析人类基因组的所有基因。该研究成果最先发表在8月29日《自然遗传学》(Nature Genetics)网络版上。

马普分子遗传学研究所及柏林夏洛蒂医科大学医学遗传学研究所的科学家第一次用这种方法对一个家族三个患有罕见智力缺陷(Mabry 综合征)的孩子进行了检测。通过对全基因组22,000个基因进行筛查,对它们的序列进行解码,检测它们的突变。使用新的生物信息分析方法,将突变候选基因数限制到两个,最终确定其中一个基因与Mabry 综合征有关。

分析揭示Mabry综合征存在PIGV基因突变,PIGV基因编码一种酶,这种酶可与细胞膜的蛋白结合,参与糖基磷脂酰肌醇锚着点(GPI)的形成。PIGV基因突变可导致碱性磷酸酶与细胞膜不充分结合。它从细胞膜上分离,在血液中积聚,从而导致血液中碱性磷酸酶水平增高。研究者推测PIGV基因与大脑中许多蛋白质的锚定有关,它的功能障碍导致了与Mabry综合征相关的智力发育迟缓。这个结果表明新的基因组测序方法适用于追踪基因组个别突变,并确定这些突变是否是罕见疾病的病因。

关键技术信息:第二代测序技术,外显子组

专家点评:尽管基因组研究取得了重大进展,但是大部分罕见遗传性疾病的确切病因仍不清楚。发现遗传缺陷是对它们进行最终诊断和发展新治疗方法必要的前提。Mabry综合征是一种非常罕见的常染色体隐性遗传病,临床症状为智力发育迟缓,癫痫和患者血管特征性的改变。此次报道中使用高通量第二代测序技术对该病突变进行鉴别的研究策略主要适用于家系小的稀有疾病或散发病例,并且这样的研究需要大量的科研经费支持。而本次研究获得的结果有助于分析受累夫妻后代的遗传风险,并对个性化的分子药物研发起重要作用。

相关文献:Identity-by-descent filtering of exome sequence data identifies PIGV mutations in hyperphosphatasia mental retardation syndrome. Nat Genet. 2010 Aug 29. [Epub ahead of print]

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