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—— 应用天昊生物专利技术AccuCopy®研究CNV
复旦大学公晓红教授的科研团队通过对突触NRXN-NLGN通路中相关基因的Sanger测序检测突变和DNA拷贝数检测，研究这些基因与中国自闭症谱系障碍患者的关联取得的科研成果于2013年2月发表在PLOS ONE杂志。上海天昊遗传分析中心检测部刘燕博士作为课题合作者、文章作者之一共享了此成果。 研究背景 自闭症谱系障碍（Autism spectrum disorder,ASD）,是一种较为严重的神经发育障碍性疾病。其核心症状就是所谓的“三联症”，主要体现为在社会性和交流能力、语言能力、仪式化的刻板行为三个方面同时具有本质的缺损。该病男女发病率差异显著，约为4/1，说明患病原因和X染色体有关。 遗传学研究显示，NRXN-NLGN通路上的基因对ASD有易感性，包括神经连接蛋白编码基因NLGN3、NLGN4、NRXN1和神经元骨架蛋白编码基因SHANK2、SHANK3。本研究中的选择对象为中国汉人群体，通过对NLGN3、NLGN4、SHANK2、SHANK3四个基因进行拷贝数检测和对NLGN4的调控区域测序，探索这些基因的变异是否与中国ASD患者的疾病发生相关。 研究内容 1、相关样本的搜集： 搜集285例ASD患儿（246例男性，39例女性）和385例正常对照。 2、Sanger测序NLGN4的调控区域： 对285例ASD患儿和384例正常对照的NLGN4调控区域进行Sanger测序，包括上游2000bp启动子区域、6个外显子（含5’/3’UTR和开放阅读框）和10个外显子内含子的接头序列。 3、拷贝数检测NLGN3、NLGN4、SHANK2、SHANK3： 利用AccuCopy® 多重DNA拷贝数检测技术，对285例ASD患儿进行NLGN3、NLGN4、SHANK2、SHANK3四个基因的外显子拷贝数检测，通过Gene Mapper 4.0分析数据。 研究结果 1、NLGN4中，只有一例病人检测出了一个同义突变rs7049300，无非同义突变。此测序实验验证了6个常见的SNPs（启动子区的rs3810688、3’UTR区的rs3810688、rs3810686、rs5916269、rs1882260、rs140700235）。对这6个常见的SNPs进行关联分析，ASD患者和正常对照的等位基因频率并没有显著差异。连锁不平衡分析中，rs3810688、rs3810686、rs5916269、rs1882260具有很强的连锁不平衡。随后对单体型块进行的分析，亦没有发现案例组和对照组有显著性的频率差异。 2、NLGN4拷贝数检测中，男性的拷贝数值区域为0.76-1.22，女性为1.69-2.38，这说明所有样本中的拷贝数并没有发生变化。NLGN3、SHANK2和SHANK3亦没有检测到拷贝数的变化。 研究意义 前人的研究，分别验证了NLGN3/4、SHANK2/3与特定ASD群体有一定的关系，但是在此研究中，通过检测突变和拷贝数，均没有阳性结果，说明在中国汉人群体中这些基因与患病关系不大，并不是主要的易感基因。但是由于NLGN3和SHANK2/3并没有从测序水平进行变异研究，且最新发现的与ASD相关的NRXN3和SHANK1也没有进行研究，所以中国患病群体的NRXN-NLGN通路依旧可进行深入研究。 研究局限性 之前研究报导的NLGN4/3是在1500个ASD病例中发现的，且频率很低（<1%）,因此此次的实验样本相对太少了，以致未能发现罕见突变。 AccuCopy® 多重DNA拷贝数检测技术的优势 在此实验中，利用AccuCopy®多重DNA拷贝数检测技术进行拷贝数检测，可以在一个体系中对高达16个DNA片段进行拷贝数检测，由于体系设计同时存在3个以上参考基因和内参片段，大大降低了检测结果的CV，提高了检测的准确性和数据成功率。 根据“天昊生物论文发表奖励计划”的规定（详见http://biotech.geneskies.com/ch/news/tongzhi/203.html）：在2013年6月30日之前，对于公司合作的客户，应用AccuCopy®、 SNPscanTM和CNVplexTM三项新技术中的一项发表SCI论文，在论文中方法或致谢部分提到天昊生物专利技术，给予5000元人民币的技术服务经费作为奖励。在此，恭喜公晓红团队！ 文章信息 Yanyan Liu, Yasong Du, Wenwen Liu, Caohua Yang, Yan Liu, Hongyan Wang, Xiaohong Gong. Lack of Association between NLGN3, NLGN4, SHANK2 and SHANK3 Gene Variants and Autism Spectrum Disorder in a Chinese Population. PLoS ONE. Available online on 26 Feb 2013. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23468870  |
