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超高清基因拷贝数变异图谱绘制成功

当第一张人类基因组草图问世时,我们对这一划时代的成就充满期待,希望它在医学诊断、预防和治疗方面能够实现基因组研究的初衷。10年过去了,我们发现那不过是生命科学这部天书的扉页,或许基因拷贝数变异研究,我们只翻到了这部天书的某一章节。

近日,韩国首尔大学基因医学研究所徐廷瑄教授领导的研究小组通过对30名中国人、韩国人和日本人的基因组研究,成功绘制出中日韩人种超高清基因拷贝数变异图谱,发现亚洲人独有的3500多个基因拷贝数变异.此次绘制的基因拷贝数变异图谱与西方绘制的现有图谱不同,是只针对中日韩人种进行研究并绘制完成的,将有效适用于特定人群的疾病诊疗,并为今后正式研究基因拷贝数变异和疾病之间的关联性提供了良好平台。

专家点评:所谓基因拷贝数变异(Copy Number Vriations)是指在人类基因组中广泛存在的,从1000bp(碱基对)到数百万bp范围内的缺失、插入、重复和复杂多位点的变异。研究表明,不少人类复杂性状疾病都和拷贝数变异有密切关系。拷贝数变异与疾病的关系可能不仅仅是相关性,而是因果关系。这是近几年来CNV受到很大关注的原因。

2006年,第一张人类基因组第一代基因拷贝数变异图谱问世,这张遗传图谱是通过对欧洲、非洲和亚洲祖先4个人群的270个个体样品进行分析,用两个互补的技术-单核苷酸多态性(SNPs)基因分型和以克隆为基础的比较基因组杂交进行基因拷贝数变异筛选,共获得了1447个拷贝数变异。之后的一系列研究显示,基因拷贝数变异是个体之间在基因组序列差异上的一个重要源泉,是研究基因组进化和表型差异的一个重要因素。许多关于基因拷贝数变异的研究结果表明,拷贝数变异可导致不同程度的基因表达差异,对正常表型的构成及疾病的发生发展具有一定作用。

天昊推出了针对多重CNV定量分型的新技术Accucopy12,该技术适用于100个以上样本5个以上CNV的分型 ,Accucopy12体系随着CNV检测样本量的增加成本下降非常快,因此大样本对于该体系有很大的成本优势。

原文: Human Molecular Genetics doi:10.1093/hmg/ddp564 Copy number variations in East-Asian population and their evolutionary and functional implications

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